据说可以追溯到雍正年间，当时正大兴文字狱，著名的反清文人黄宗宪，在出逃的路上，途经湖南的一个小乡村，借住在一个贫苦的农户家。恰好农户的儿子从田间池塘中捕回一条河鱼，解了女主人的巧妇之愁，于是就用河鱼做菜。鱼洗净后，鱼肉放盐煮汤，再用自家产的辣椒剁碎后与鱼头同蒸，不想黄宗宪吃了觉得非常鲜美。回家后，他让家里的厨师将这道菜加以改良，于是便有了今天的“剁椒鱼头”。 正宗的湘菜，选用的鱼头是草鱼或者花鲢、白鲢，主要因为这些品种的鱼头个儿大，肉嫩。有时也不单纯只是一个鱼头，大多带了小半个身子，一个巨大的盘子端上来，让人觉得大师傅做这道菜式一定还没过瘾。一个菜式到了一个地方，常常要融入些地方特色。这剁椒鱼头到了武汉，据说有用武昌鱼做的，依照武汉人的性格，恐怕就要改用整鱼，叫做“剁椒武昌鱼”了。再如江南那些不善吃辣的地方，做剁椒鱼头的时候，厨师们总会手下留情，少放些辣椒，不过口味偏淡的当地人也同样吃的嘘吸有声。
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